囊胚的质量是影响移植成功率的关键因素之一。4aa级别的囊胚虽然在形态学上看起来非常优质，但其内部结构和染色体情况仍可能存在异常。例如，染色体非整倍体、线粒体功能障碍等都可能引发囊胚无法成功着床。子宫内膜的厚度、血流状况以及免疫环境对囊胚着床至关重要。如果子宫内膜过薄或血流不足，或者存在免疫排斥反应，都可能触发囊胚无法成功着床。
另外，子宫内膜炎症、息肉、粘连等问题也会影响着床。母体的激素水平，显著如雌激素和孕酮的水平，对囊胚着床有重要影响。激素水平不足或波动过大，可能促成子宫内膜不适合囊胚着床。附带一提，甲状腺功能异常、高泌乳素血症等内分泌问题也可能影响着床。母体的免疫系统可能会对囊胚产生排斥反应，酿成着床失败。例如，抗磷脂抗体综合征、自身免疫性疾病等都可能干扰囊胚的正常着床过程。遗传因素也是影响囊胚着床的重要因素之一。染色体异常、基因突变等都可能衍生出囊胚无法正常发育和着床。
哪怕囊胚在形态学上看起来正常，也可能存在隐性的遗传缺陷。精神压力和情绪状态对生殖系统的影响难以回避的是。长期的精神压力、焦虑、抑郁等负面情绪可能影响激素分泌，进而影响囊胚着床。正因如此，保持良好的心理状态对于提高移植成功率非常重要。不良的生活习惯，如吸烟、饮酒、过度运动、饮食不均衡等，都可能影响囊胚着床。这些因素可能致使激素水平失衡、子宫内膜条件不佳，由此推进降低着床成功率。女性年龄是影响囊胚着床的重要因素之一。
随着年龄的增长，卵子质量和数量都会下降，于是影响囊胚的质量和着床率。高龄女性进行囊胚移植时，成功率相对较低。医疗技术和操作水平也会影响囊胚移植的成功率。例如，胚胎培养技术、囊胚冷冻和解冻技术、移植操作的精细程度等都可能影响囊胚的存活和着床。